年末調整でiDeCoの控除を受けるには? 証明書が届く人・届かない人と書き方

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この記事の結論

iDeCo(個人型確定拠出年金)の掛金は、全額が「小規模企業共済等掛金控除」として所得から差し引かれます。会社員の方は、年末調整で控除を受けられます。

手続きは、掛金の払い方で分かれます。

  • 自分の口座から払っている(個人払込):10月下旬ごろに届く証明書を、保険料控除申告書と一緒に出す
  • 給与から引かれている(事業主払込):証明書は届かない。勤務先が計算するので、自分で書く必要はない

払い方で手続きが違う

年末調整でのiDeCoの手続き(国民年金基金連合会)。個人払込(自分の口座から引き落とし):10月下旬ごろ「小規模企業共済等掛金払込証明書」が届く→保険料控除申告書の「小規模企業共済等掛金控除」の個人型(iDeCo)の欄に、その年に払った掛金の合計を書く→証明書を添付して勤務先へ。事業主払込(給与から引かれる):証明書は届かない→勤務先が毎月の給与で計算するので、申告書に書かなくてよい

自分の口座から払っている場合(個人払込)

国民年金基金連合会によると、個人払込の方には、毎年10月下旬ごろに「小規模企業共済等掛金払込証明書」が届きます。

  1. 勤務先から配られる「保険料控除申告書」の、小規模企業共済等掛金控除の欄を探す
  2. iDeCo(個人型確定拠出年金)の掛金を書く欄に、証明書にあるその年に払う掛金の合計を書く
  3. 証明書を申告書と一緒に勤務先へ出す

証明書は、マイナポータルの「e-私書箱」から電子データで受け取ることもできます。

給与から引かれている場合(事業主払込)

掛金が給与から引かれている方には、証明書は届きません。勤務先が毎月の給与の計算の中で掛金を差し引いているので、申告書に書く必要はありません。

自分がどちらか分からないときは、給与明細に掛金が引かれているかを見てみましょう。

年の途中から始めた場合

初めて掛金を払ったのが年の後半だと、証明書が届くのが遅くなることがあります。年末調整に間に合わないときは、確定申告で控除を受けられます。自営業・フリーランスの方も、確定申告で控除を受けます。

控除でどのくらい税金が軽くなる?

iDeCoの控除で税金が軽くなる目安(考え方の例)。掛金 月1万円×12か月=年12万円が、全額所得から差し引かれる。所得税の税率10%・住民税10%の方なら、年12万円×(10%+10%)=およそ2万4千円軽くなる計算。税率は所得によって違う。復興特別所得税などは含めていない

掛金は全額が所得から差し引かれるので、その分の所得税と住民税が軽くなります。

例えば、掛金が月1万円(年12万円)で、所得税の税率が10%、住民税が10%の方なら、

12万円 ×(10%+10%)= およそ2万4千円

が、1年で軽くなる計算です(考え方の例。税率は所得によって違い、復興特別所得税などは含めていません)。

NISAは年末調整に書かない

NISAで積み立てた額・買った額は、所得から差し引く「控除」の対象ではありません。年末調整の保険料控除申告書に書く必要はありません。

  • iDeCo:掛金は、小規模企業共済等掛金控除の対象です。自分の口座から払う方は、年末調整で申告します(給与から引かれている方は、勤務先が処理します)
  • NISA:NISA口座で買った商品の売却益などに、税金がかからない仕組みです

控除の前に、忘れないでおきたいこと

iDeCoは、税金の面で有利な仕組みですが、原則60歳まで引き出せません。

教育費や家の頭金のように、60歳より前に使うお金には向きません。「控除があるから」で金額を決めるのではなく、何のためのお金か・いつ使うかから、iDeCoに回す金額を決めることが大切です(資産運用、何から始めればいい?)。

まとめ

  • iDeCoの掛金は、全額が「小規模企業共済等掛金控除」
  • 個人払込の方は、10月下旬ごろに届く証明書を申告書と一緒に出す
  • 事業主払込の方は、証明書は届かず、申告書にも書かなくてよい
  • 間に合わないときは確定申告で
  • NISAの積立額は控除の対象ではないので、年末調整には書かない
  • 原則60歳まで引き出せないので、使う時期から金額を決める

ご相談のご案内

この記事では、年末調整でのiDeCoの手続きを一般的にまとめました。ご相談では、教育費・住まい・老後など「何のためのお金か」を整理し、iDeCo・NISA・預貯金など、どこにどのくらい置くかの考え方を一緒に決めます。Life Design ifは、個別の投資商品の販売・おすすめはしていません。まずは1分の簡易チェックで、「老後のお金」に向いている置き場所の考え方を見てみることもできます(相談無料/対面:香川・徳島、オンライン:全国)。

※この記事は、制度の一般的な説明です。特定の金融商品をおすすめするものではありません。税金の計算そのものは、勤務先や税務署、税理士にご確認ください。


出典

(2026年10月8日時点の情報です)

(NISAの段:2026年10月14日に確認)

この記事を書いた人

西岡 竜二(にしおか りゅうじ)。if株式会社 代表取締役。2級ファイナンシャル・プランニング技能士、AFP。徳島県美馬市出身。2014年に生命保険会社に入社し、新人部門で営業成績1位・本社表彰。新人の育成や管理職も経験。2022年にif株式会社を設立し、生命保険代理店「Life Design if」での保険とお金の相談、バックオフィス支援、研修・セミナーの3つの事業をしています。「商品を選ぶ前に、人生を考える」を大切に、保険とお金の「分からない」に答えるコラムを書いています。詳しいプロフィール ›

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